El IICAR se crea con la finalidad de abarcar la problemática agropecuaria de la región y el país. Como guía fundacional se plantearon los siguientes lineamientos:

• Gran área de investigación:
  Ciencias agrarias, ingeniería y de materiales

Las líneas de investigación que se desarrollan actualmente en el Instituto se enmarcan en las siguientes áreas temáticas:

• Área 1: Estudio de la biodiversidad, manejo y conservación de recursos naturales
• Área 2: Aportes a los sistemas de producción y desarrollos agro-biotecnológicos
• Área 3: Transferencia de conocimiento y tecnología al medio social y productivo.

Los grupos de investigacion se han conformado con la finalidad de poder cumplir con lo que el proyecto marco requiere.