Revelan alta fidelidad en la propagación de variedades de tomate y un estrecho parentesco entre dos cultivares por la comparación de sus secuencias genómicas

 

 

 

 

 

En un trabajo en colaboración entre el Grupo de Mejoramiento de Tomate (GMT) del IICAR y el Laboratorio del Dr. David Francis de la Universidad Estatal de Ohio, el Dr. Vladimir Cambiaso analizó datos provenientes de plataformas de genotipado de alta densidad y de secuencias genómicas completas de las variedades ʻUC 82ʼ (utilizada en el desarrollo comercial de líneas e híbridos modernos) y ʻM82ʼ (progenitor recurrente de líneas isogénicas muy utilizadas por la comunidad académica) con el objetivo de determinar por un lado la fidelidad de la propagación de estos materiales en los bancos de germoplasma de tomate y por el otro, el grado de parentesco entre ellos.

En total se analizaron datos de tres accesiones de la variedad ʻUC 82ʼ y cuatro de ʻM82ʼ provenientes de diferentes bancos de germoplasmas de EEUU, Israel y España. Tanto el análisis de los datos obtenidos de la plataforma de genotipado como los de la comparación de secuencias genómicas completas arrojaron los mismos resultados. Las variaciones intra e inter varietales estuvieron agrupadas en bloques conformando tres haplotipos diferentes, uno compuesto únicamente por muestras de ʻUC 82ʼ, otro por ʻM82ʼ y un tercero por muestras de ambas accesiones.

Las diferencias intra varietales detectadas fueron de 0,2% y 0,4% para ʻUC 82ʼ y ʻM82ʼrespectivamente, sugiriendo una gran fidelidad en el mantenimiento de variedades en los bancos de germoplasma de tomate. Más aún si comparamos estos resultados con los porcentajes de diferencias genómicas obtenidos para la variedad ʻB73ʼ de maíz (2%), de la variedad de soja ʻWilliams 82ʼ (3%) y de Arabidopsis ʻCol-0ʼ (20%).

Por otro lado, el patrón de distribución de las variantes genómicas respecto de la secuencia del genoma de referencia en tomate, detectadas tanto para las muestras de ʻUC 82ʼ como las de ʻM82ʼ fueron extremadamente similares. El porcentaje de similitud inter varietal, analizado a partir de dos fuentes de datos independientes fue mayor al 99%, demostrando que ambas variedades se encuentran estrechamente relacionadas y que provienen de selecciones realizadas de la misma población de mejoramiento.

 

Los autores agradecen al Ing. Agr. José Luis Leibovich por haber traducido del hebreo un material bibliográfico determinante para este trabajo y a los Drs. Guillermo Raúl Pratta y Juan Pablo Ortiz por los aportes realizados en las versiones preliminares del mismo. También agradecen a todo el equipo del Centro de Cómputos de Alto Rendimiento de CONICET Rosario por el soporte brindado para llevar a cabo el análisis bioinformático.

El artículo completo puede descargarse de manera gratuita del siguiente enlace: https://www.mdpi.com/2073-4395/10/4/538#cite

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